Detección automática de la mutación germinal TP53 R337H por PCRRFLP mediante visión por computadora

Abstract

El PCR RFLP (Polymerase Chain Reaction, Restriction Fragment Length Polymorphism - Reacción en cadena de polimerasa, polimorfismos en la longitud de los fragmentos de restricción) es una técnica de amplio uso en la actualidad para el estudio del ADN en el área de genética molecular. Esta técnica es utilizada para la detección de la mutación del R337H del gen TP53 para el diagnostico precoz del cáncer en el córtex adrenal en humanos que tiene una incidencia mayor en el sur del Brasil y región este del Paraguay, específicamente en los departamentos de Concepción, Itapúa, Alto Paraná, Amambay y Canindeyú. La detección de la mutación se realiza mediante el análisis visual de imágenes digitales resultantes de la electroforesis. Las imágenes son analizadas visualmente con el fin de identificar muestras con casos positivos de la mutación del R337H del gen TP53, donde un caso positivo es detectado en una fila de muestras con 3 bandas identificadas, los casos negativos son identificados con 2 bandas. Esta tesis propone un método automático, rápido, sensible y confiable que determina la correcta identificación de las muestras y permite auxiliar en el diagnostico de la mutación TP53R337H en imágenes de electroforesis en gel mediante técnicas de visión por computadora, agilizando el proceso de identificación en comparación con las técnicas del experto. A partir del análisis de un conjunto de 1993 muestras, previamente analizadas por especialistas del área, el algoritmo de procesamiento automático propuesto consigue una tasa de aciertos de 93.4%, y del 6,6% de la tasa de error. Esto representa una contribución muy importante para auxiliar a los especialistas en la detección de la mutación y en la toma de decisiones.